位於巴拿馬城市政廳旁的就是運河博物館,裡面介紹了巴拿馬運河的歷史及相關照片與影片,像是當初建造運河的歷史、美國歸還運河主權的儀式、運河觀光船的介紹等等,同時說明了巴拿馬運河在世界船運中扮演著不可小覷的角色。